Museum Pendidikan Indonesia UNY sebagai wahana Pelestarian Kebudayaan dan Pendidikan Karakter memiliki beberapa koleksi. Salah satunya koleksi patung dari batu zaman Hindu Budha, atau lebih dikenal dengan nama arca. Arca ini bernama arca Ganesha, koleksi ini merupakan koleksi Museum Pendidikan Indonesia yang didapat sebagai benda koleksi pinjaman dari BPCB Yogyakarta atau yang sekarang bernama Balai Pelestarian Kebudayaan wilayah X. Koleksi arca Ganesha ini diperkirakan ada pada masa Hindu Budha, khususnya pada era Mataram Kuno. Arca ini ditemukan oleh seorang penduduk Wijilan, Panembahan, Keraton, Yogyakarta pada tanggal 10 Desember 2000 oleh bapak Lasiman. Arca Ganesha dalam Pantheon agama Hindu lebih dikenal sebagai dewa pelindung, dewa ilmu pengetahuan, dan dewa kebijaksanaan. Arca ini berbahan batu andesit sebagaimana lazimnya bahan pembuatan arca pada masa itu.
Arca Ganesha dalam kenampakannya digambarkan sedang duduk di atas padmasana yang berbentuk bundar dalam sikap kurmasana (duduk bersila dengan telapak kaki kanan dan kiri bertemu), rambutnya berhias kiritamakuta, memiliki ciri telinga gajah yang lebar, belalai dan perut buncit (tundila). Arca Ganesha juga memiliki siracakra (hiasan berbentuk lingkaran di belakang kepala arca), akan tetapi sebagian dari siracakra kondisinya patah. Arca Ganesha digambarkan memiliki empat tangan, tangan kanan bagian belakang memegang aksamala (tasbih), tangan kiri belakang memegang parasu (kapak), kemudian tangan kanan depan memegang danta (gading). Sementara tangan kiri depan sudah tidak utuh lagi saat dilakukan ekskavasi yang seharusnya memegang mangkuk. Atribut yang digunakan oleh arca Ganesha adalah upavita yang diletakkan dibahu kiri yang menyilang badan arca ke pinggang kanan, arca Ganesha juga menggunakan kalung atau hara, menggunakan keyura atau kelat bahu yang berbentuk bunga, menggunakan kankana atau gelang tangan dan gelang kaki. Arca Ganesha juga menggunakan ikat pinggang arca laki-laki atau dikenal dengan udarabandha.
Arca Genesha menjadi koleksi Museum Pendidikan Indonesia karena erat kaitannya dengan pendidikan. Arca Ganesha dalam pantheon agama Hindu adalah dewa ilmu pengetahuan. Sementara itu pendidikan lekat dengan ilmu pengetahuan. Oleh kerena itu pesan yang ingin disampaikan oleh koleksi museum ini, bahwa arca Ganesha merupakan guru yang mengajarkan ilmu pengetahuan kepada para resi, pendeta dan masyarakat pada masa Hindu Budha. Arca Ganesha ini merupakan koleksi Museum Pendidikan Indonesia yang ditempatkan pada ruang galeri dua yakni ruang pameran dan koleksi pendidikan masa Hindu Budha.
